分子蒸馏在运行时其低压额蒸馏理论上的分子蒸馏分离过程发生在0.01Pa值0.1Pa之间，在运行的过程中其蒸馏压力可以增加化合物的分子运动平均自由程，进而扩大化合物间平均自由程的差异，实现分离。
　　分子蒸馏一般在传统的蒸馏技术多为釜式蒸馏，待分离的化合物先在沸点下气化变成气体，气态的化合物在真空泵的作用下被整体抽出，流经冷凝器的时候才可以获得冷凝。
　　冷凝器与蒸发面之间过长的距离，使得该段距离间充满了气态化合物，因而难减小蒸发液面处的压力。对于分子蒸馏技术，由于冷凝器与蒸发表面布置得紧密，待分离的化合物一旦挥发逸出，便被冷凝，因而冷凝器与蒸发器表面之间的气态化合物分压低，可以实现低压下的化合物分离。
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